按照離子色譜的分離原理可以分3種不同類型，主要分為離子交換色譜、離子對色譜和離子排斥色譜。

一 離子交換色譜

離子色譜分離主要是應用離子交換的原理，采用低交換容量的離子交換樹脂來分離離子，它在離子色譜中應用zui廣泛，其主要填料類型為：有機離子交換樹脂以苯乙烯二乙烯苯共聚體為骨架，在苯環上引進磺酸基形成強酸型陽離子交換樹脂，引進叔胺基而成季胺型強堿性陰離子交換樹脂，此交換樹脂具有大孔或薄殼型或多孔表面層型的物理結構，以便于快速達到交換平衡，離子交換樹脂耐酸堿可在任何pH范圍內使用，易再生處理，使用壽命長。缺點是機械強度差、易溶脹、易受有機物污染。
硅質鍵合離子交換劑：以硅膠為載體，將有離子交換基的有機硅烷與基表面的硅醇基反應形成，化學鍵合型離子交換劑。其特點是：柱效高、交換平衡快、機械強度高，缺點是不耐酸堿，只宜在pH2-8范圍內使用。

二 離子對色譜

離子對色譜的固定相為疏水型的中性填料，可用苯乙烯二乙烯苯樹脂或十八烷基硅膠(ODS)，也有用C8硅膠或CN固定相活動相，由含有所謂對離子試劑和含適量有機溶劑的水溶液組成，對離子是指其電荷與待測離子相反并能與之天生疏水性離子對，化合物的表面活性劑離子，用于陰離子分離的對離子是烷基胺類，如氫氧化四丁基銨、氫氧化十六烷基*烷等，用于陽離子分離的對離子是，烷基磺酸類，如己烷磺酸鈉庚烷磺酸鈉等，對離子的非極性端，親脂極性端親水其CH2鍵越長，則離子對化合物在固定相的保存越強，在極性活動相中往往加進一些有機溶劑，以加快淋洗速度，此法主要用于疏水性陰離子以及金屬絡合物的分離，至于其分離機理則有3種不同的假說，反相離子對分配離子交換以及離子相互作用。

三 離子排斥色譜

它主要根據Donnon膜排斥效應，電離組分受排斥不被保存，而弱酸則有一定保存的原理制成。離子排斥色譜主要用于分離有機酸以及無機含氧酸根，如硼酸根、碳酸根和硫酸根、有機酸等，它主要采用高交換容量的磺化H型陽離子交換樹脂為填料，以稀鹽酸為淋洗液。